Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2 / Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. OBJETIVO: Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). CONCLUSIONES: Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Technical challenges for complete implementation of automated growth-based methods for microbiological examination of advanced therapy medicinal products. What's wrong with Candida albicans?

BACKGROUND: Automated growth-based methods for sterility testing of cell-therapy products should be qualified to demonstrate that they are equivalent to, or better than, the conventional reference method. The aim of the present study was to assess the ability of the BACTEC FX40 system to detect low microbial contamination and to confirm the suitability of the method in the presence of seven different human mesenchymal cell-based products, according to Ph. Eur. 2.6.27. Additionally, a study to select the best vial to detect fungus contamination was performed. METHODS: Microorganisms representing Gram-negative, Gram-positive, aerobic, anaerobic, spore-forming, slow-growing bacteria, yeast and mold were prepared in either Dulbecco's PBS or seven biological matrices containing approximately 5, 10, and 15 colony-forming units (CFU) per sample. These preparations were inoculated to the specific media required for each test method: (i) BACTEC aerobic and anaerobic vials; (ii) aerobic and anaerobic media for direct inoculation; and (iii) Trypcase soy 3P or Brucella blood agar plates. Colonies from cultures were identified using MALDI-TOF mass spectrometry. RESULTS: The BACTEC FX40 system, in both Dulbecco's PBS and the biological matrices with a 5-CFU inoculum, detected most of the microorganisms significantly faster than the conventional method, despite the presence of a matrix containing gentamicin and several matrices containing 10% DMSO. Conversely, it showed an extremely delayed detection of Candida albicans compared with the conventional method. The addition of a Mycosis IC/F (MYC) vial decreased radically the time to detection (TTD) of C. albicans (28.2 ± 1.8 h) compared with the conventional method (36 h). CONCLUSIONS: When a MYC vial was added to the standard aerobic and anaerobic vials to test each sample, BACTEC FX40 was shown to be a superior alternative sterility method for cell-therapy products contaminated with low inocula, with a faster TTD for microbial growth compared with the conventional method (5 versus 14 days). The studies were carried out in different cell-based matrices with sensitivities and specificities of 100% for all the tested strains at 15-, 10- and 5-CFU inoculum, with the exception of Kocuria rhizophila at 5 CFU (90.48% sensitivity and 100% specificity).

Evaluation of the effectiveness of a new cryopreservation system based on a two-compartment vial for the cryopreservation of cell therapy products.

BACKGROUND AIMS: Successful cell cryopreservation and banking remain a major challenge for the manufacture of cell therapy products, particularly in relation to providing a hermetic, sterile cryovial that ensures optimal viability and stability post-thaw while minimizing exposure to toxic cryoprotective agents, typically dimethyl sulfoxide (Me2SO). METHODS: In the present study, the authors evaluated the effectiveness and functionality of Limbo technology (Cellulis S.L., Santoña, Spain). This system provides a hermetic vial with two compartments (one for adding cells with the cryoprotective agent solution and the other for the diluent solution) and an automated defrosting device. Limbo technology (Cellulis S.L.) allows reduction of the final amount of Me2SO, sidestepping washing and dilution steps and favoring standardization. The study was performed in several Good Manufacturing Practice laboratories manufacturing diverse cell therapy products (human mesenchymal stromal cells, hematopoietic progenitor cells, leukapheresis products, fibroblasts and induced pluripotent stem cells). Laboratories compared Limbo technology (Cellulis S.L.) with their standard cryopreservation procedure, analyzing cell recovery, viability, phenotype and functionality. RESULTS: Limbo technology (Cellulis S.L.) maintained the viability and functionality of most of the cell products and preserved sterility while reducing the final concentration of Me2SO. CONCLUSIONS: Results showed that use of Limbo technology (Cellulis S.L.) offers an overall safe alternative for cell banking and direct infusion of cryopreserved cell products into patients.

Interacción valproato-meropenem como ejemplo de las deficiencias en la información sobre interacciones farmacológicas clínicamente relevantes / Valproate-meropen em interaction as an example of information shortcomings in relevant drug interactions

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Comparação da utilização das técnicas Watsu e relaxamento aquático em flutuação assistida nos sintomas de ansiedade, depressão e percepção da dor

Este estudo teve como objetivo comparar o efeito do método Watsu e dorelaxamento aquático em flutuação assistida em piscina, no tratamento da dor crônica. Também objetiva avaliar o efeito dos sintomas de depressão e ansiedade como co-fatores nesses tratamentos. A amostra é constituída por 23 indivíduos de ambos os sexos, acima de 18 anos. No método Watsu são atendidas 13 pessoas, sendo 11 mulheres e 02 homens. Na técnica de relaxamento assistido são atendidas10 pessoas, sendo 07 mulheres e 03 homens, entre pacientes que procuramtratamento fisioterápico no centro clínico – Escola de Fisioterapia da UMESP, com dor crônica. Os dados são colhidos através de entrevista estruturada. Aplicada escala associada para avaliar percepção de dor, questionário de avaliação de sintomas de depressão Beck, de Ansiedade Idate-Estado e Ansiedade Idate-Traço.Devido ao pequeno tamanho da amostra, as comparações entre os dois tipos detratamento (Watsu e relaxamento) .... (AU)

This study’s purpose was to compare the effect of Watsu method and physicalrelaxing in swimming pools in the treatment of chronic pain. Another objective was to evaluate the symptoms of depression and anxiety as co-factors on these treatments. The sample was composed by 23 individuals of both genders above 18 years old. 13individuals (12 females and 2 males) were treated with Watsu method and 10 were treated (07 females and 3 males) using assisted relaxing technique, picked up between patients suffering from chronic pain who looked for physiotherapy in the clinical centre – UMESP’s Physiotherapy School. The data were collected through structured interview. It was used associated scale to evaluate the pain perception,questionnaire for Beck depression symptoms evaluation, Idate-State Anxiety questionnaire and Idate-Trace Anxiety questionnaire. Due to the small size of the sample, the comparison between the two different treatments (Watsu and relaxing) .... (AU)

Angiolymphoid hyperplasia with eosinophilia of the lacrimal gland: a case report.

Angiolymphoid hyperplasia with eosinophilia (ALHE) is a rare clinicopathologic entity that has been the subject of considerable confusion and debate. ALHE shares both clinical and histopathologic features with Kimura disease (KD). Because of this overlap, ALHE and KD have been used synonymously in the Western medical literature, as they were thought to represent variations of the same disease. Some pathologic reports have called for distinguishing ALHE and KD as two separate nosological entities, based on their clinical, laboratory, and especially histopathologic findings. ALHE commonly affects women in the third and fourth decades, with head and neck involvement. ALHE has been described rarely in the orbit, eyelids, and lacrimal gland. We report a case of ALHE involving the left lacrimal gland in a 40-year-old Mexican woman. Because ALHE can cause proptosis, lid swelling, ocular dysmotility, or a palpable mass, it should be considered in the differential diagnosis of orbital lesions occurring in adults.

Enfermedad de Kikuchi-Fujimoto (linfadenitis necrotizante histiocitaria) / Kikuchi-Fujimoto disease (histiocytic necrotizing lymphadenitis)

La enfermedad de Kikuchi-Fujimoto (EKF) es una causa rara, pero cada vez más frecuente, de adenopatías cervicales benignas. Suele afectar a mujeres jóvenes e ir acompañada de fiebre y pérdida de peso. En ecografía y tomografía computarizada, las adenopatías suelen mostrar hallazgos sugerentes de enfermedad benigna (son numerosas, homogéneas, leve o moderadamente aumentadas de tamaño, mantienen su ecoestructura normal, están bien delimitadas y no existe alteración de los tejidos adyacentes), aunque se han descrito algunos casos en que presentaban necrosis central. El diagnóstico se realiza por biopsia ganglionar, donde aparecen hallazgos típicos.Es una enfermedad benigna y autolimitada, que no necesita tratamiento, y creemos que debe ser incluida en el diagnóstico diferencial de adenopatías, sobre todo si son cervicales y en una paciente joven (AU)

Complicaciones de cateterismo venoso central en soporte nutricional artificial

La sepsis relacionada a cateterismo venoso central (CVC) es la complicación más temida, describiéndose en la literatura una incidencia de 0 a 25 por ciento. Dentro de las complicaciones mecánicas la más frecuente es la mal posición de catéteres que llega de 5 al 13 por ciento. El objetivo de este trabajo es presentar nuestra incidencia de complicación en 116 catéteres colocados para nutrición parenteral.

Manejo de las fístulas enterocutáneas a flujo alto con NPT

La literatura internacional señala antes del advenimiento de la nutrición parenteral total (NPT) una mortalidad cercana al 70 por ciento para las fístulas enterocutáneas (FEC), siendo disminuido dramaticamente este porcentaje en la mayoría de estudios a un 23.5 por ciento. El objetivo de este trabajo es demostrar los beneficios de la NPT en el manejo de la FEC a flujo alto y los beneficios para disminiur la mortalidad por esta patología, sin necesidad de intervención quirúrgica para solucionar las FEC.